第2章Materials Studio建模
2.1界面常用操作
2.1.1 Materials Studio的启动
从Windows“启动”菜单中选择“程序”Accelrys Materials Studio 4.0| Materials Studio。如果在桌面上有Materials Studio图标，也可以通过双击图标来启动Materials Studio。在启动Materials Studio时，首先会出现一个所谓的欢迎界面（Welcome to Materials Studio），必须创建一个新的项目或从对话框中载入一个已经存在的项目。
注意：如果是第一次打开Materials Studio，会看到一个叫做Materials Studio 文件关联的对话框，如果出现这种情况，按照提示点击OK按钮即可。
2.1.2 创建项目
在欢迎界面对话框上选择创建一个新的项目，然后点击OK。然后会出现新建项目对话框，选择要存储文件的位置并且键入“tiejifeijinghejin”作为文件名，然后点击OK。此时的项目管理器如图2-1所示：
图2-1 Project 界面
Materials Studio对中文支持不好，命名时最好用英文字母，可以右击点Rename，进行重命名。
2.1.3 输出图像
可以将3D Atomistic文件显示的图像作为位图输出，输出的图像可以包含到其它文件中。位图图像被存储为.bmp格式，可以使用简单的位图编辑器比如
Windows的画图进行编辑。从菜单栏中选择File | Export...显示Export对话框。点击Export as type文本框右侧的选项箭头，从下拉列表中选择Structure Bitmap （*.bmp）。一旦选择了位图格式，Options...按钮就被激活了。点击Options...按钮以显示Bitmap Export Options对话框。可以调节对话框中的位图图像的像素尺寸以适合相关需求。
2.1.4 自动保存
Materials Studio具有自动保存功能，它可以在工作期间，以一定的时间间隔将项目中文档的变化写入硬盘中。如果希望在工作期间执行自动保存功能，则应该确保该功能是被打开的，如果有必要可以调整自动保存的时间间隔。从Materials Studio菜单栏上选择Tools | Options...，显示出选项对话框。在General 选项卡上，确保Enable AutoSave检查框被选中，自动保存时间间隔设成10分钟。如果在保存工作之前，Materials Studio程序意外地结束了，比如断电或程序错误，在重新启动程序之后，则可恢复当前项目自动保存的最新的版本。
注意：恢复文件选项只出现一次，如果拒绝恢复自动保存的文件，那么在硬盘上的自动保存文件将被删除。还可以通过在选项对话框的Folder Locations选项卡中指定的位置来手动恢复自动保存文件。选择选项对话框的Locations选项卡，检查AutoSave目录的默认位置，点击OK，关闭对话框。
2.1.5 界面介绍
1、菜单栏
1）File：文件。关于文件和工程操作，比如打开，保存，输入，输出和打印。
2）Edit：编辑。编辑所选的物体和使用剪贴板。
3）View：视图。修改MS模型的外观。
4）Modify：修改。修改当前窗口物体性能。
5）Build：建立。计算键的相关性质，关闭键之间的链接，氢键以及创建聚合物，晶体，表面和层状结构。
6）Tools：工具。控制当前窗口的物体。
7）Statistics：使用静态分析程序。
8）Module：模块。使用MS模型模块。
9）Window：窗口。在MS模型中组织和激活打开的文件窗口。
10）Help：使用MS模型帮助系统或者其他关于MS模型的网络信息。
2、工具栏：
1）Standard：标准。文件操作。
2）3D Viewer:3D视图模式和视图控制工具。3D结构视图可能通过使用3D Viewer工具栏上的按钮用不同的方法进行操作。
选择不同类型的对象：在3D视图工具栏上，选择3D Viewer Selection Mode 按钮，然后在所建结构中通过单击选择一个单一的原子。原子变成了黄色表明它已经被选择了。通过鼠标的托拽操作可以选择一定区域内的所有对象，包括原子和键。在结构中的某个原子或键上双击鼠标可以选择整个结构。同时按住SHIFT和ALT键，右键点击并向左拖动。
Rotate：旋转结构视图。等同于按Shift+鼠标右键+鼠标中键，再松开中键，即可随着鼠标移动而旋转结构视图。
Zoom：向上或者右侧拖动可以增大所选结构的视图：向下或者向左侧拖动会缩小所选结构的视图。
Translation：将结构沿着不同的方向平移。等同于按Shift+鼠标右键+鼠标中键，再松开右键，即可随着鼠标移动而平移结构视图。
Fit to View：根据窗口的尺寸，为3D结构选择合适的大小。
Recenter：将结构放置到窗口的中心，结构大小不变。
Reset View：将结构放置到窗口中原来的位置，并恢复原有大小。
3）Sketch：原子，键，画环，修改工具。
替换原子。
4）Symmetry：创建，修改，找到对称系统。
5）Atom & Bonds：创建原子和键，操作工具。
6）Animation：在3D视图中控制动画。
7）Modules：使用MS模型模块。
3、三个Explorer：从View（见图2-2）的Explorer可调出此三个Explorer，并都可以通过点击标题栏并拖动将三个Explorer放到屏幕上的任何位置。
图2-2 调出Explorer
几个重要的窗口，可分为这三类：
1）Job Explorer：见图2-3，显示己完成的、正在运行的程序。所属模块（Server）；
