NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
- 下载提示
- 文本预览
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA
数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast中常用的程序介绍:
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。
下面是具体操作方法
1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定的物种(如人,小鼠,水稻等),也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。
2,粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。
3,blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值,E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。
4,注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。
5,blast结果的图形显示。没啥好说的。
6,blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了,E值越小也是这样。
7,blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项,E值(Expect),一致性(Identities),缺失或插入(Gaps)。加上长度的话,就有四个标准了。如图中显示,比对到的序列长度为1405,看Identities这一值,才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp(看上面的图),就说明比对到的序列要长一点。由Qurey(起始1)和Sbjct(起始35)的起始位置可知,5'端是是多了一段的。有时也要注意3'端的。
附:
E值(Expect):表示随机匹配的可能性,E值越大,随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时,具本上就是完全匹配了。
一致性(Identities):或相似性。匹配上的碱基数占总序列长的百分数。
缺失或插入(Gaps):插入或缺失。用"—"来表示。
社会对大学生的要求和期望问卷调查报告(附问卷,调查数据)
家政A1001
方慧
社会对大学生的期望和要求
当今社会为大学生找不到工作的现象已非常普遍,有很多的大学的在毕业之后还要父母接应。在当今的“天之骄子”在某些时候以成为社会的落势群体之一,甚至随便一个甚至随便一只阿猫阿狗都可以鄙夷不屑地说:“大学生到处都是!”造成这种情况的原因,我不认为是大学生到处都是,而是我们自己做的不是太好。意识到自己不够好之后就要积极的努力去做好,那我们就需要一个标准来约束自己,于是我利用周末的时间做了一个问卷调查,主要调查社会对大学生的期望和要求,包括对大学生的思想道德方面、科学文化素质方面等多个方面的期望和要求,主要是发现当今大学生的不足,并为大学生提高自身整体素质提供参考。我们的调查包括社会各阶层。调查方式主要有网上发卷调查。
一、分析结果
1、对大学生的整体要求较高
调查中,我们发现社会对大学生现有的素质并不是非常的满意,大部分的人认为多数的大学生素质比较一般,几乎很少有人能够自信的说自己的整体素质非常好,调查表明也只有小部分的人认为他们的素质比较的好。这或许是国民的整体素质不断的提高。当然还是因为大学生自身存在种种不足的缘故。在此次的调查关于大学生不足所在原因,不诚实、急功近利,好高骛远三个方面高举前面,竟然有超过50%的人认为大学生对这三方面有严重的不足,
而有57%的人认为大学生进取心不足。现在社会,对大学生的思想要求越来越高,而现在的大学生事业心和责任感、艰苦奋斗精神、诚实守信、民族精神、爱国精神等思想修养明显下降。有26%的要求大学生加强思想修养,45%的人认为大学生应该把理想追求淡化、现实化,不要眼高手低,要注重社会实践能力,提高自我意识,增强思想修养.
2、心理素质要求就高
很多人认为大学生嘴硬应该加强的教育是心理教育。随着时代的发展,就业形势的紧张,科技的发展,一进知识的爆炸性发展,社会对大学生的承受能力有了更高的要求,很多大学生已进入大学就好像失去了人生的方向,不懂得掌好大学的舵,更加盲目的玩耍,没能好好分析与掌控好自己,这让自己的心理素质不断下降,随着思想道德与科学文化的不足,自然会有很多方面影响一个人的心理素质,从而心里变得极其脆弱。
3.对领导能力要求较高
领导能力在现代社会是一种比较的能力。这次调查表明,有大部分的人要求大学生有一定的领导能力,而只有1小部分的人认为自己有一定的领导能力。领导能力实在一定的实践中学到的,作为大学生只要适当的提高自己的修养,掌握一些领导艺术。其实要拥有领导才能,你必须要对你做的事情、共同合作的人多要有一定的了解。这就要求我们在日常的生活中,锻炼自己坚忍不拔的性格,学会善待周围的同学,与寝室的室友和平相处、在求学的过程中,利用业余的时间,尽快接触与个人发展有益的活动于工作,多多与前辈学习,向前辈们求教,心平气和,诚实正直的做好每一件事,并且反思换成是你来做这事,你会怎样分工有序的把
工作做好。
4、要求较高的务实精神
此次地到处表明踏实勤快的大学生更易获得招聘单位的喜欢,有60%支持。而成绩优秀,人际关系良好却只占了20%左右,这表明企业更喜欢与那些务实的有才能的人,而那些不诚实、急功近利的人不被看好的,这次调查显示,竟然有64%的人认为现在大学生好高骛远,不能是样本容量不够大,不能够实际的反映真实情况,但我想这趋势还是对的,竟然有那么多人认为大学生缺乏务实精神,我们就应该有所觉悟,是否平时能够冷静的、踏实的面对日常生活,面对求学过程,面对为人处世,是否她是的过着每一天?是否有一个他是的心理?者都应该引起我们的共鸣,有时踏实勤快的工作可能会不尽如人意,但绝对是做人的一个准则。
5、社会对大学生的知识贮备要求较高